O IDSeq é um pipeline de bioinformática de código aberto baseado em nuvem para sequenciamento metagenômico. Em não-cientistas, são pacotes de código de computador que combinam todos o material genético extraído de uma amostra - um tubo de sangue humano, por exemplo, ou um cotonete que subiu no nariz de alguém. Ele combina todos esses fragmentos de DNA e RNA misturados com bancos de dados maciços de micróbios conhecidos, informando quais bugs estão na mistura. A execução do IDSeq requer apenas um seqüenciador que você saiba como usar e uma conexão à Internet.
O IDSeq começou como um projeto de pesquisa no laboratório do bioquímico Joe DeRisi da UC San Francisco, onde há 17 anos sua equipe construiu uma tecnologia que identificava o coronavírus que causa a SARS. Mais recentemente, o laboratório de DeRisi tem apoiado o sequenciamento metagenômico clínico, desenvolvendo testes que ajudaram a resolver mistérios médicos para pacientes em tratamento em hospitais próximos, incluindo o caso de uma tênia que invade o cérebro.
Em 2016, quando a pediatra Priscilla Chan e seu marido, fundador do Facebook, Mark Zuckerberg, prometeram US $ 3 bilhões em 10 anos para combater doenças infecciosas, eles escolheram a DeRisi para co-dirigir seu primeiro investimento: um novo centro de pesquisa de US $ 600 milhões chamado Chan Zuckerberg Biohub . Logo após ingressar no Biohub, DeRisi reuniu uma grande equipe de designers e engenheiros para transformar anos de código de seu laboratório em um pacote de software de força industrial. Em outubro de 2018, eles lançaram o IDSeq para um pequeno grupo de usuários de teste, com a sorte do Facebook pagando a conta por toda essa análise computacional.
Para colocá-lo nas mãos de mais cientistas, especialmente em locais com poucos recursos, o Biohub se uniu à Fundação Bill e Melinda Gates. Subsídios da fundação começaram a levar 10 equipes de pesquisadores de países como África do Sul, Bangladesh e Madagascar ao Biohub para aprender como usar o IDSeq. Além do treinamento, as bolsas equipam cada equipe internacional com um pequeno seqüenciador para levar de volta aos laboratórios em casa.
Manning recebeu um desses subsídios para expandir seu trabalho de investigação de febres não diagnosticadas no Camboja. No final do verão passado, quando a pior epidemia de dengue da história do Camboja estava no auge, ela voou para São Francisco com dois técnicos de seu laboratório para uma semana de treinamento no Biohub. Em novembro, sua equipe tinha o IDSeq em funcionamento, processando amostras de sangue coletadas de pacientes com febre em hospitais de campo no Camboja. No início de janeiro, DeRisi trouxe uma equipe da Biohub para visitar o laboratório de Manning e solucionar problemas que estavam tendo. Durante a viagem, lembra Manning, eles discutiram notícias de casos misteriosos de pneumonia vindos de Wuhan, na China. Na época, não havia relatos amplos de profissionais de saúde ficando doentes, então eles esperavam que isso acabasse logo. A equipe de DeRisi voou de volta para a Califórnia. "Então, tudo bate no teto", diz Manning.
